In de biologische wereld is de moderne evolutietheorie universeel geaccepteerd. Het is de grote verbindende theorie in de biologie. Het valt dan ook niet mee om een bioloog te vinden die deze theorie ontkent, laat staan een die gelooft dat alle soorten een paar duizend jaar geleden, in zes dagen, door God geschapen zijn. Een creationistische bioloog, dat is eigenlijk een contradictio in terminis. Toch hebben we in Nederland lange tijd zo’n lopende tegenstrijdigheid gehad: Willem Ouweneel. Nu Ouweneel echter zijn creationisme schijnt te hebben opgegeven in ruil voor een minder letterlijke lezing van Genesis, heeft creationistisch Nederland een nieuwe voorman nodig. Dat lijkt Peter Borger te willen worden.

Borger studeerde biologie in Groningen en promoveerde daar ook op medisch-biologisch onderzoek. Later bekeerde hij zich tot het evangelische christendom en werd tevens creationist. Sinds zijn promotie heeft hij zich beziggehouden met astmaonderzoek op moleculaire schaal, waardoor hij goed thuis is in de moleculaire biologie. Hierin verschilt hij van de meeste creationisten, die van moleculaire biologie doorgaans weinig weten. Het is dan ook niet verwonderlijk dat Borger zijn creationistische pijlen vooral richt op evolutie op moleculaire schaal. Volgens hem laat moleculairbiologisch onderzoek van de afgelopen jaren zien dat de evolutietheorie onhoudbaar is geworden. Dit betoogt hij niet alleen op zijn weblog, maar ook in zijn recent verschenen boek “Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt”. Het is uitgegeven door stichting ‘De Oude Wereld’, die opmerkelijk genoeg een jonge wereld verkondigt, conform een letterlijke lezing van Genesis. Borger heeft zijn opvattingen tot ‘GUToB’ gedoopt: generale en universele theorie over biologische verandering.

Heeft deze creationistische bioloog werkelijk laten zien dat de evolutietheorie niet langer houdbaar is? Moet de moderne biologie overstappen op ‘GUToB’? Borger verkondigt dit vrijwel elke dag, vaak meerdere malen, op zijn blog. Aan pretenties ontbreekt het hem dus niet. Wat dat betreft had hij wat kunnen leren van Darwins bescheidenheid. Ik zal in dit artikel proberen te laten zien dat beide bovenstaande vragen negatief beantwoord moeten worden. Zijn boek is vooral een verwoede poging om Darwin af te kraken en impliciet een letterlijke lezing van de scheppingsmythe uit Genesis een wetenschappelijk cachet te geven.

Ik zal niet op alle problemen met Borgers verhaal in kunnen gaan; daarvoor zou waarschijnlijk een heel boek nodig zijn. Daarom zal ik die problemen eruit pakken die mijns inziens het belangrijkst zijn. Ik zal eerst ingaan op enkele problemen die zijn gehele boek kenmerken, dan op een paar van zijn kritiekpunten op de evolutietheorie, en besluiten met waarom zijn ‘GUToB’ pseudowetenschap is.

Omdat het boek over moleculaire biologie gaat, is enig technisch moleculairbiologisch taalgebruik niet te vermijden. Omdat een uitleg van elk begrip dit artikel veel te lang zou maken, heb ik ervoor gekozen om deze begrippen te voorzien van een hyperlink naar een internetpagina waarop dit begrip wordt uitgelegd.

Darwin is dood, zijn theorie in aangepaste vorm niet
Opvallend aan heel Borgers boek is dat hij zijn pijlen steeds richt op wat Darwin zelf heeft geschreven, 150 jaar geleden. Dit blijkt niet alleen uit zijn ondertitel, maar ook uit de vele passages uit Darwins werk die hij aanhaalt om vervolgens te bekritiseren. Blijkbaar heeft Borger niet door dat de moderne evolutiebiologie Darwin al een tijd ontgroeid is (Koonin 2009). In die zin is Darwins tijdperk inderdaad ten einde, maar dat weten evolutiebiologen ook. Darwin wist bijvoorbeeld niets over de moderne genetica, en dus ook niets over evolutie op moleculair niveau, terwijl juist dat het onderwerp is van Borgers boek. Het is dan ook hoogst merkwaardig dat Borger geen enkel modern handboek over evolutiebiologie aanhaalt (zoals Barton et al. 2007; Futuyma 2009). Als hij dat had gedaan, had hij geweten dat de evolutiebiologen nu veel meer weten dan Darwin, en zijn opvattingen vaak hebben genuanceerd en aangepast. Ook in de toekomst zullen er ongetwijfeld nog verdere verfijningen en bijstellingen komen, dat is hoe wetenschap voortschrijdt. Darwins On the Origin of Species is net zo min representatief voor de huidige evolutiebiologische kennis als Newtons Principia dat is voor de huidige natuurkundige kennis.

Dit blijkt vooral op het moleculaire niveau. Borger heeft het constant over natuurlijke selectie, terwijl hier juist genetic drift een grote rol speelt (Barton et al. 2007; Futuyma 2009). Deze willekeurige veranderingen in het DNA, die selectief neutraal zijn (daarom spreekt met ook wel van de neutral theory of molecular evolution), waren Darwin natuurlijk onbekend, maar worden uitgebreid behandeld in de moderne handboeken. Daar rept Borger echter met geen woord over. Borger heeft het wel een aantal keer over ‘neutrale selectie’, wat in de evolutiebiologie niet bestaat en ook een onzinnig begrip is. Selectie is immers per definitie niet selectief neutraal; daarom wordt het ook onderscheiden van genetic drift (wat dus wel selectief neutraal is). Zo’n gebrek aan verwijzingen naar moderne handboeken evolutiebiologie is ontoelaatbaar voor iemand die meent zinnige kritiek te leveren op de moderne evolutiebiologie, zeker evolutie op moleculaire schaal.

Naturalistisch dogma?
Borger heeft nogal wat problemen met het naturalistische karakter van de moderne wetenschap. Waarom worden alleen naturalistische verklaringen geaccepteerd in de wetenschappelijke wereld, en is er een taboe op het bovennatuurlijke, lijkt hij zich af te vragen (p. 27-28, 230)? Is er misschien sprake van een naturalistisch dogma?

Ik denk het niet. Het grote probleem met bovennatuurlijke verklaringen is dat ze problematisch zijn gezien de aard van wetenschappelijk onderzoek. Wetenschappers moeten beweringen namelijk empirisch kunnen toetsen, en dat is meestal onmogelijk met bovennatuurlijke claims (het vermeende bovennatuurlijke effect van gebed op genezing is bijvoorbeeld wél empirisch toetsbaar). Zelfs de meeste gelovige wetenschappers uit allerhande disciplines zien dit in, en blijven daarom zoeken naar naturalistische verklaringen. Niet omdat ze een naturalistisch wereldbeeld hebben (dat hebben ze uiteraard niet), maar omdat ze alleen daar wat mee kunnen als wetenschapper.

Dit cruciale wetenschapsfilosofische punt lijkt Borger niet te snappen. Een centraal element in Borgers verhaal is bijvoorbeeld common design: de overeenkomsten tussen organismen zijn het resultaat van onafhankelijke scheppingsdaden van een gemeenschappelijke Ontwerper, niet van gemeenschappelijke afstamming. Dit is echter onmogelijk empirisch te toetsen. Hoe kunnen we immers weten wat het gevolg is van gemeenschappelijk ontwerp en wat van naturalistische processen? Borger blijft het antwoord schuldig. Daarmee is zijn common design onwetenschappelijk.

Een ander probleem met bovennatuurlijke verklaringen is dat de wetenschapsgeschiedenis heeft geleerd dat ze keer op keer werden vervangen door naturalistische. Wetenschap ‘ontbovennatuurlijkt’. Blikseminslag wordt niet meer gezien als een act Gods, maar als het gevolg van fysische wetmatigheden. Hetzelfde geldt voor het ontstaan en verspreiden van ziektes. De naturalistische verklaring blijkt ook nog eens vruchtbaarder: bliksemafleiders en inenting werken beter dan gebed. Naturalisme is geen dogma in de wetenschap, het is het enige uitgangspunt dat blijkt te werken. Borger heeft overigens nog steeds een Popperiaanse visie van wetenschapsfilosofie (p. 22-25), wat hedendaagse wetenschapsfilosofen terecht als te naïef en onrealistisch hebben verworpen.

Een elementaire logische fout
Het is elementaire logica dat als twee verklaringen elkaar uitsluiten, er ten minste één fout is, maar dat niet automatisch de ander goed is. Dit zou namelijk alleen opgaan als deze twee verklaringen het logische domein der mogelijkheden zouden uitputten, maar dat is vrijwel nooit het geval in de (natuur)wetenschap. Het zou derhalve een evidente fout zijn om in de wetenschap te concluderen dat verklaring A juist is omdat B onjuist is. Toch is dit precies wat Borger, en creationisten in het algemeen, vaak doen: als de evolutietheorie onjuist is, moet het creationisme wel waar zijn. Stichting ‘De Oude Wereld’, die Borgers boek heeft uitgegeven, spreekt op haar website over “twee wetenschappelijke ontstaansmodellen”. Blijkbaar zijn er volgens hen geen andere mogelijkheden. Dit is een drogreden (vals dilemma) en wetenschappelijk naïef. Het zou immers goed kunnen zijn dat, als de evolutietheorie onjuist zou blijken te zijn, er een andere niet-creationistische verklaring bestaat die haar vervangt.

Kritiek op, of tekortkomingen van de evolutietheorie kunnen op zichzelf dus nooit het creationisme ondersteunen, ondanks dat creationisten dit vaak wel zo voorstellen. Borger zal dus met een onderbouwing van zijn eigen verhaal moeten komen die losstaat van de evolutietheorie. Hij zal de wetenschappelijke merites van zijn verhaal moeten verdedigen, niet alleen de evolutietheorie aanvallen. Dat is wat hij ook probeert in het tweede deel van zijn boek, maar daar faalt hij schromelijk in. Ik kom daar later op terug. Laten we eerst eens kijken of Borgers kritiek op de evolutietheorie werkelijk steekhoudend is.

Is common descent with modification weerlegbaar?
Centraal in Darwins evolutietheorie staat common descent with modification: organismen ontstaan uit gemeenschappelijke voorouders, maar verschillen daar altijd een beetje van (de modification), waardoor ze ook unieke eigenschappen hebben. Hierdoor ontstaan er groepen binnen groepen binnen groepen, een geneste hiërarchie. Wanneer al het leven wordt beschouwd, wordt vaak de metafoor Tree of Life (ToL) gebruikt. In algemene zin wordt zo’n boom die verwantschappen beschrijft een fylogenetische boom genoemd. Het concept van de ToL staat nog steeds in de moderne evolutiebiologie, zij het in een wat aangepaste vorm. Micro-organismen blijken bijvoorbeeld niet alleen informatie uit te wisselen van ouder op nageslacht (verticale genoverdracht), maar ook onderling (horizontale genoverdracht, HGT). Dit maakt het opstellen van een fylogenetische boom lastiger voor micro-organismen dan voor bijvoorbeeld dieren, waarbij vrijwel geen HGT plaatsvindt. Door de HGT bij micro-organismen is ook de ‘wortel’ van de ToL lastig te bepalen; daar is hoogstwaarschijnlijk sprake geweest van een netwerk in plaats van een stam met takken. Dit is allemaal terug te vinden in moderne handboeken evolutiebiologie.

Borger meent dat common descent with modification onweerlegbaar is, omdat alle overeenkomsten toegeschreven worden aan de gemeenschappelijke afstamming en alle unieke eigenschappen aan de modificatie (p. 26). Maakt dit het hele idee van gemeenschappelijke afstamming met modificatie niet inderdaad onweerlegbaar? Nee, omdat er alleen een bepaald patroon (geneste hiërarchie) verwacht mag worden, en niet elk willekeurig patroon. Bij dieren bijvoorbeeld komen eens goed gescheiden evolutionaire lijnen niet weer bij elkaar. Daarom kunnen denkbeeldige wezens als een sfinx (mens en leeuw) of een centaur (mens en paard) niet bestaan. Ook een paard met vleugels of een vogel met een placenta kunnen niet bestaan. Dit komt doordat vanuit gemeenschappelijke afstamming slechts in beperkte mate modificaties mogelijk zijn. Daardoor kan een paard nooit zomaar vleugels op zijn rug krijgen. Dát zou een weerlegging van common descent with modification betekenen.

Hoe zit het dan met convergente evolutie, die resulteert in homoplasieën? Denk bijvoorbeeld aan de hydrodynamische lichaamsvormen van walvissen en vissen. Walvissen zijn geen vissen, maar toch hebben ze een vorm die lijkt op die van vissen. Dit is geen weerlegging omdat vrijwel alle andere eigenschappen de walvissen binnen de groep van de zoogdieren plaatsen, en niet binnen die van de vissen. De oppervlakkige overeenkomst in lichaamsvorm is het gevolg van dezelfde aanpassingen aan het milieu, en die kunnen onafhankelijk van gemeenschappelijke afstamming optreden. Homoplasie door convergente evolutie komt ook voor op moleculaire schaal, naast overeenkomsten die toevallig ontstaan zijn doordat onafhankelijk van elkaar dezelfde mutatie op dezelfde plek is opgetreden. Hiermee is elke evolutiebioloog goed bekend en er zijn vrijwel altijd goede technieken om deze ruis in het fylogenetische signaal te omzeilen. Ook dit is te vinden in elk handboek evolutiebiologie (zie bijvoorbeeld hier).

Wat gemeenschappelijke afstamming ook zou weerleggen, is als afstammelingen in het fossielenbestand zouden verschijnen vóór hun vermeende voorouders. Er mogen dus geen fossielen van mensen gevonden worden voor die van de eerste primaten, en geen primaten voor de eerste zoogdieren. Helemaal problematisch zou een konijn in een Precambrische laag zijn, zoals de eminente evolutiebioloog J.B.S. Haldane ooit opperde als potentiële weerlegging. Dit soort fossielen op ‘verkeerde’ plaatsen worden dan ook niet aangetroffen, terwijl het gemakkelijk had gekund als alle organismen tegelijk geschapen zouden zijn, zoals Borger en andere creationisten geloven. Het fossielenbestand had gemeenschappelijke afstamming gemakkelijk kunnen weerleggen, maar het is er juist een prachtige bevestiging van, zoals paleontoloog Donald Prothero laat zien in zijn voortreffelijke boek (Prothero 2007). Daarnaast had het Borgers verhaal makkelijk kunnen bevestigen, maar is het er juist een weerlegging van.

Borger voert ook het vogelbekdier aan als probleem voor gemeenschappelijke afstamming (p. 26-27). Is de ‘eendenbek’ van dit zoogdier niet een weerlegging? Zoogdieren mogen toch geen snavels hebben?, suggereert Borger. Inderdaad, en dat hebben ze ook niet. Dat weet hij als bioloog vermoedelijk best, maar blijkbaar kan hij het niet laten om de goedgelovige lezer te suggereren dat dit wel zo is. De vorm van de bek van het vogelbekdier lijkt inderdaad een beetje op die van een vogel, maar is zowel qua bouw als weefsel totaal anders. Ook de rest van het lichaam is totaal anders dan dat van vogels. Een vogelbekdier heeft geen snavel, heeft niets met vogels te maken en is dus ook geen weerlegging.

De willekeurigheid van mutaties
In de evolutiebiologie wordt gezegd dat mutaties willekeurig of random zijn. Wat hiermee bedoeld wordt, is dat ze ongericht zijn: een bepaalde mutatie ontstaat niet omdat dat een bepaald selectief voordeel oplevert. Elke evolutiebioloog begrijpt dit en het staat ook in elk handboek. Borger begrijpt het echter niet, ook al is hij hier vele malen op gewezen. Hij denkt dat evolutiebiologen bedoelen dat mutaties “volstrekt niet te voorspellen” zijn en niet beïnvloed worden door milieufactoren (p. 248-249). Zelfs in een handboek van meer dan 20 jaar oud staat al expliciet dat dit niet is wat er in de evolutiebiologie met ‘willekeurig’ bedoeld wordt (Futuyma 1986)!

Omdat mutaties niet willekeurig zijn in de zin dat elke plaats in het genoom even vaak muteert en elk type mutatie even waarschijnlijk is (zoals elke evolutiebioloog weet), meent Borger dat we hier te maken hebben met wat hij noemt ‘non-random mutaties’. Dit is misleidend omdat het uitgaat van een andere definitie van randomness dan in de (evolutie)biologie gebruikelijk is. Daarnaast bestaat voor het fenomeen dat Borger beschrijft al een goede term: mutation(al) bias (Yampolsky 2005). Natuurlijk is Borger vrij woorden te definiëren zoals hij wil - hij mag protonen ook negatief geladen deeltjes noemen en elektronen positief - , maar het is overbodig en misleidend.

Niet-coderende, ultrageconserveerde genetische elementen
Borger maakt er nogal een punt van dat er identieke sequenties in de genomen van mensen en muizen zitten die niet voor eiwitten coderen. Je kunt ze zelfs weghalen zonder dat dit schijnbaar een effect heeft (p. 154-155) (Ahituv et al. 2007). Biologen spreken dan over de deletie van niet-coderende, ultrageconserveerde genetische elementen zonder fenotype. Dit zijn onderzoeksresultaten van de afgelopen paar jaar en werpen interessante vragen op. Normaliter betekent dit in de wetenschap een goede ingang voor nieuw onderzoek. Voor Borger betekent het echter dat een zeer goed bevestigde theorie volledig weggegooid kan worden.

Gelukkig gaan andere wetenschappers niet zo kort door de bocht: ze gaan verder onderzoek doen, zoals het wetenschappers betaamt. Daaruit blijkt dat het erg waarschijnlijk is dat de betreffende sequenties wel degelijk een fenotypisch effect hebben, maar dat dit effect zich niet manifesteert in korte tijd onder laboratoriumcondities (Barbaric et al. 2007; McLean and Bejerano 2008). Dit gaven de ontdekkers overigens ook al als mogelijke verklaring (Ahituv et al. 2007). Deze laboratoriumcondities zijn namelijk optimaal, en staan dus ver af van het normale leven in het wild, waar natuurlijke selectie volledig werkt. Zo werd bijvoorbeeld de temperatuur constant gehouden, waardoor een fenotype ten gevolge van de normale schommeling in temperatuur, die de muizen in het wild ervaren, nooit ontdekt zou worden. Borger trekt dus een grote conclusie uit zeer beperkte data. Een goede wetenschapper zou veel voorzichtiger zijn.

Duplicatie en redundantie
Omdat evolutiebiologen zich niet beroepen op een Schepper die op miraculeuze wijze complete genomen uit het niets tovert, moeten zij een mechanisme hebben waarmee de informatie-inhoud van genomen uitgebreid kan worden sinds het ontstaan daarvan, ongeveer 3,5 miljard jaar geleden. Genen ontstaan dus nooit ex nihilo, maar moeten altijd gevormd worden door aanpassingen van het reeds bestaande genoom. De geneticus Susumu Ohno stelde in zijn boek Evolution by gene duplication uit 1970 voor dat genduplicatie hierbij een belangrijke rol speelt. Wanneer een gen gedupliceerd wordt, zal het duplicaat in veel (maar niet alle) gevallen overbodig zijn en dus ongestraft kunnen muteren. Men zegt dan dat het duplicaat redundant is.

Als Ohno gelijk heeft, zou met de moderne genoomanalysetechnieken moeten blijken dat er zeer veel duplicaten in de genomen zitten. Dit blijkt inderdaad zo te zijn, vaak in de vorm van genfamilies (Zhang 2003; Britten 2006; Demuth and Hahn 2009). In zo’n genfamilie zitten meerdere genen die gedupliceerd zijn en vervolgens van elkaar zijn gaan afwijken (divergeren) door geaccumuleerde mutaties. Na lange tijd kan het duplicaat zo ver gedivergeerd zijn dat het nauwelijks of niet meer herkenbaar is als een duplicaat. Duplicaties kunnen op verschillende schalen voorkomen: van kleine stukjes DNA tot complete genomen (Li 2007).

Zo’n genoomduplicatie leidt in één keer tot heel veel nieuwe genetische informatie en biedt daardoor vele evolutionaire mogelijkheden. Het heeft bij gewervelde dieren vermoedelijk twee keer plaatsgevonden sinds de gewervelden met kaken zijn ontstaan. Daarom spreekt men van de 2R-hypothese, naar de twee rondes van duplicatie. Borger gaat hier kort op in (p. 88-90) en verwijst naar twee artikelen die kritisch zijn ten aanzien van deze hypothese (Martin 2001; Hughes and Friedman 2003). Nu de laatste jaren steeds meer genomen gesequenced zijn, en de methoden om genomen te vergelijken steeds beter zijn geworden, is steeds meer ondersteuning van de 2R-hypothese gekomen (Cotton and Page 2005; Dehal and Boore 2005; Putnam et al. 2008). Hier meldt Borger echter niets over, terwijl juist dit recente onderzoek de 2R-hypothese aannemelijker heeft gemaakt dan ooit (Kasahara 2007). Eerder negatief onderzoek citeren en later positief onderzoek weglaten is niet erg netjes. De evolutietheorie is overigens niet afhankelijk van de juistheid van de 2R-hypothese omdat dit niet de enige manier is om nieuwe genetische informatie te verkrijgen. Het is een hypothese binnen het moderne evolutieonderzoek die plausibel is gebleken.

Borger is op de hoogte van het evolutionaire potentieel van duplicaties, maar probeert het onderuit te halen door op drie vermeende problemen te wijzen. Als eerste komt hij met het feit dat er geen relatie bestaat tussen het aantal eitwitcoderende genen en de complexiteit van het organisme (p. 148). Dit is de afgelopen jaren duidelijk geworden door de vele genoomanalyses. Dergelijke analyses hebben echter ook duidelijk gemaakt dat juist veel van het fenotype bepaald wordt door de stukken DNA die niet voor eiwitten coderen. Het gaat dus niet alleen om de eiwitcoderende genen. Elke moderne evolutiebioloog weet dat. Dit doet overigens weinig af aan de rol van duplicatie, want ook het niet-eiwitcoderende DNA wordt gedupliceerd. Borgers eerste probleem is dus helemaal geen probleem voor de rol van duplicatie in evolutie. Het is tevens niet waar dat in bacteriën bijna geen gedupliceerde DNA-sequenties worden aangetroffen, zoals Borger beweert (p. 148-149); ook bacteriële genomen zitten er vol mee (Serres et al. 2009).

Het tweede probleem is volgens Borger dat redundantie niet geassocieerd is met genduplicatie. Hij schrijft bijvoorbeeld dat een organisme (zoals de bakkersgist) met een groot aantal redundante genen maar relatief weinig genduplicaten heeft. Hij lijkt echter twee verwante termen te verwarren: redundantie en robuustheid (p. 150). Robuustheid is een eigenschap van een systeem, namelijk dat het goed bestand is tegen perturbaties (verstoringen, bijvoorbeeld schadelijke mutaties in het genoom). Redundantie echter is een mechanisme om robuustheid te bereiken: ‘back-upgenen’ (de duplicaten) kunnen essentiële genen overnemen als die verstoord raken.

Er is evenwel nog een manier om robuustheid te bereiken, en dat is door de interactie van genen met ongerelateerde functie, hetgeen Borger ook erkent. Vergelijk het met het ergens uitdraaien van een schroef. In principe gebruik je hiervoor een schroevendraaier, maar als alternatief daarvoor kun je vaak ook een mes of zelfs een muntstuk gebruiken. Terwijl beide een geheel andere functie hebben, zijn ze bruikbaar als schroevendraaier. Dit is dus het andere mechanisme om robuustheid te bereiken.

De onderzoeker die Borger aanhaalt (Wagner 2000), legt het onderscheid tussen robuustheid en redundantie ook helder uit. Redundante genen ten gevolge van duplicatie leiden dus tot robuustheid, maar niet alle robuustheid is het gevolg van gedupliceerde redundante genen. Daarom is er ook geen directe relatie tussen robuustheid en duplicatie, er is immers een ander mechanisme om tot robuustheid te komen naast redundante duplicaten. Beide mechanismen blijken een rol te spelen bij het creëren van robuustheid, al is er discussie over de mate waarin (Gu et al. 2003; Conant and Wagner 2004; Hsiao and Vitkup 2008). Het is dan ook geen probleem voor evolutie en de rol van duplicatie daarin.

Borgers derde probleem is dat duplicaten niet sneller zouden muteren dan essentiële genen (p. 150). Natuurlijk muteren ze niet sneller, maar ze zullen wel in veel gevallen sneller mutaties accumuleren (en dus sneller evolueren). Waarschijnlijk bedoelt Borger dit ook. Dat dit niet in alle gevallen zo is, is ook niet lastig te begrijpen: het kan immers nuttig zijn om een duplicaat te hebben als meer eiwitten geproduceerd moeten worden of om een belangrijk gen te back-uppen. In dat geval is het duplicaat niet redundant, maar zal selectie het onderhouden. In veel gevallen echter zullen duplicaten wel redundant zijn en dus vrij om mutaties te accumuleren. Dit kan tot gevolg hebben dat er een nieuwe functie (neofunctionalisatie), een deelfunctie (subfunctionalisatie) of een defect gen ontstaat (nonfunctionalisatie of degeneratie). Een expert op dit gebied is Michael Lynch en hij publiceerde in 2000 al een onderzoek naar het evolutionaire lot van genduplicaten (Lynch and Conery 2000). Dit onderzoek is zo belangrijk gebleken dat het ondertussen meer dan 1200 keer aangehaald is in de literatuur, maar Borger rept er met geen woord over. Het laat zien dat Borger ongelijk heeft: de meeste duplicaten evolueren na de duplicatie snel. Dit is tevens bevestigd door later onderzoek (Conant and Wagner 2003; Zhang et al. 2003; Brunet et al. 2006).

Samenvattend is duplicatie een zeer belangrijk evolutionair mechanisme om genomen uit te breiden. Genduplicaten dragen bij aan de robuustheid van genetische systemen omdat ze vaak redundant zijn. Redundantie van duplicaten is echter niet het enige mechanisme dat voor robuustheid zorgt, waardoor er geen directe relatie is tussen redundante duplicaten en robuustheid. Duplicaten ondergaan veelal een versnelde evolutie na de duplicatie, waarna ze of ‘kapotmuteren’ of een nieuwe (deel)functie krijgen. Borger lijkt redundantie en robuustheid te verwarren en zijn argumenten tegen de rol van genduplicatie in evolutie zijn ongefundeerd.

De paradox van RNA-virussen
Een ander probleem voor evolutie is volgens Borger de ouderdom van RNA-virussen. Hij beroept zich hiervoor op een publicatie van Edward Holmes (Holmes 2003) en stelt dat RNA-virussen slechts 50.000 jaar geleden ontstaan zijn. Dit zou problematisch zijn omdat gastheren natuurlijk vele malen ouder zijn. Is dit inderdaad wat uit Holmes onderzoek blijkt? Nee, want Holmes heeft alleen gekeken naar hedendaagse RNA-virussen, en die lijken een gemeenschappelijke voorouder gehad te hebben die ongeveer 50.000 jaar geleden leefde. Een goede verklaring hiervoor, die Holmes zelf ook aandraagt, is dat de virusfamilies waartoe de huidige virussen behoren veel ouder zijn, maar dat de oudere familieleden al lang uitgestorven zijn. De gemeenschappelijke voorouder van de huidige virussen is dan niet de gemeenschappelijke voorouder van alle virussen. Dit is vergelijkbaar met de mitochondriale Eva. Zij is wat het mitochondriale DNA betreft moeder van alle huidige vrouwen, maar was zeker niet de eerste vrouw (zie hier voor verdere uitleg).

Een andere goede verklaring die Holmes geeft is dat moleculaire klokken die gebruikt worden voor dateringen niet goed geschikt zijn voor virussen. Deze klokken gaan namelijk uit van een min of meer constante ‘tiksnelheid’, en er zijn goede redenen om te denken dat dat bij virussen niet het geval is. Daarnaast moeten dit soort klokken gekalibreerd worden met behulp van fossielen, en die zijn er niet van virussen. Er is ook nog een andere, technischere verklaring in het artikel te vinden. Borger bespreekt geen van deze plausibele verklaringen voor de RNA-viruspuzzel, maar suggereert simpelweg dat het een probleem is. Dit is een bijzonder bedenkelijke werkwijze voor een wetenschapper.

Het genetische verschil tussen mens en chimpansee
Vraag een persoon op straat hoeveel mens en chimpansee genetisch van elkaar verschillen en de kans is groot dat je als antwoord krijgt: “ongeveer 1%”. Dit percentage is gebaseerd op de eerste vergelijkingsonderzoeken en is destijds breed uitgemeten in de media. In het huidige tijdperk van genoomonderzoek weten we echter dat het wat genuanceerder ligt. Die 1% gaat namelijk alleen op als je de stukken DNA vergelijkt die mens en chimpansee beide hebben. Wanneer ook de stukken meegerekend worden die de één wel heeft, maar de ander niet (de inserties en deleties, indels), komt men uit op totaal ongeveer 4% verschil (Mikkelsen et al. 2005). Wanneer echter alleen gekeken wordt naar de aanwezigheid van genen tussen de soorten, blijken beide soorten de nodige unieke genen te hebben, een verschil van 6,4% (Demuth et al. 2006). Uit datzelfde onderzoek blijkt overigens dat het verschil tussen muis en rat aanzienlijk groter is. Hoeveel wij genetisch met chimpansees verschillen, is dus afhankelijk van waar je precies naar kijkt: de hele genomen verschillen ongeveer 4%, de aanwezigheid van genen 6,4% en de delen die we beide hebben ongeveer 1%.

Borger denkt daar echter anders over en wijdt er een heel hoofdstuk aan (hoofdstuk 10). Hij spreekt zelfs van “het grote apenverhaal” om zijn afkeer te laten blijken. Volgens Borger is het verschil namelijk 8,5% (p. 142), en in zijn presentaties en op zijn weblog heeft hij het over nog grotere verschillen. Die 8,5% baseert hij op de totale grootte van de geanalyseerde genomen. Hoe is dit te rijmen met de bovengenoemde 4%? Hebben al die onderzoekers in hun genoomanalyses iets gemist wat Borger wel ziet? Nee, want de vergelijking tussen de genoomgroottes die Borger maakt kun je helemaal niet maken. De groottes die Borger gebruikt voor zijn berekening zijn namelijk niet van het complete genoom, maar van het deel dat gesequenced is. Dit staat ook netjes in de artikelen, maar daar heeft Borger blijkbaar overheen gelezen. Bepaalde delen van het genoom zijn zeer lastig of niet te sequencen en zijn daarom niet meegenomen in de analyses. Derhalve mag Borger de vergelijking die hij maakt helemaal niet maken, en is zijn 8,5% op z’n zachts gezegd nattevingerwerk. De beste schatting van het verschil tussen de totale gesequencede genomen blijft daarom ongeveer 4%.

Wat echter belangrijker is, is dat het voor de verwantschappen niet zozeer gaat om de absolute verschillen, maar om de relatieve verschillen. Als de evolutietheorie waar is, mag je verwachten dat ook in de genomen de geneste hiërarchie te zien is. Dit is immers het gevolg van gemeenschappelijke afstamming met modificatie. Het is inderdaad wat we aantreffen: genomisch gezien verschilt de mens meer van de makaak dan van de chimpansee, en meer van een muis dan van een makaak.

Het GULO-gen
Het GULO-gen is een pseudogen dat wij delen met de andere mensapen. Doordat dit gen bij de mens defect is, kunnen wij zelf geen ascorbinezuur aanmaken. We moeten het daarom via onze voeding binnenkrijgen: het is voor ons een vitamine (vitamine C) geworden. Omdat dit pseudogen vele mutaties bevat die wij met de andere mensapen delen, is het een prachtig bewijs voor gemeenschappelijke afstamming, zoals ik hier en hier heb laten zien. Het is dan ook niet verwonderlijk dat Borger dit bewijs probeert te ontkrachten, zowel op internet als in zijn boek (p. 256-257).

Dit probeert hij door te beweren dat de mutaties die wij delen met de andere mensapen niet het gevolg zijn van gemeenschappelijke afstamming, maar ‘non-random’ zijn (sensu Borger). De gedeelde deletie op positie 97 is bijvoorbeeld onafhankelijk ontstaan in de mensapen (inclusief de mens), omdat het een zeer variabele positie is. Als deze positie al zo zeer variabel is als Borger beweert (en dat is op dit moment nog niet geheel duidelijk), beantwoordt dit niet de vraag waarom alle mensenapen exact dezelfde mutatie (namelijk een deletie) hebben. Wat echter nog problematischer is met Borgers verklaring, is dat er naast positie 97 nog 12 gedeelde mutaties in dit gen zijn onder de mensapen, en dat de mens en chimpansee daarbovenop nog eens 3 mutaties delen. Deze posities zijn, in tegenstelling tot positie 97, in ieder geval niet zeer variabel. Borgers alternatieve verklaring met ‘non-random mutaties’ gaat hier dus niet op. Het GULO-gen blijft daarmee een krachtig bewijs voor gemeenschappelijke afstamming.

De beste genetische code?
Vrijwel alle organismen gebruiken dezelfde genetische code voor hun erfelijk materiaal. Dit is een prachtig bewijs voor gemeenschappelijke afstamming, maar voor Borger is het juist een bewijs voor Intelligent Design. Volgens hem is dit namelijk de beste genetische code die mogelijk is. Zelfs al zouden wetenschappers doelbewust proberen een betere code te ontwerpen, zouden ze nog op de huidige code uitkomen (p. 227). Hiervoor beroept hij zich op een artikel dat bijna een decennium geleden verscheen (Freeland et al. 2000). Is dit niet overduidelijk bewijs voor Intelligent Design, vraag Borger zich af?

Als Borger het artikel waarnaar hij verwijst wat beter had gelezen, had hij geweten dat het wat genuanceerder ligt. De onderzoekers hebben namelijk gekeken naar een beperkt aantal codes, namelijk alleen die codes die biosynthetisch mogelijk zijn. Zonder dergelijke beperkingen is de huidige code helemaal niet optimaal. Dit is ook bevestigd door recenter onderzoek (Novozhilov et al. 2007). Een almachtige Designer is natuurlijk niet gebonden aan zulke restricties en had daarom gemakkelijk een betere code kunnen ontwerpen. Daarnaast laten Novozhilov et al. zien dat de huidige code evolutionair gemakkelijk te bereiken is vanuit een willekeurige code van hetzelfde type. Vanuit het perspectief van een almachtige Designer is de huidige code dus helemaal niet de beste. Borger trekt dus een onterechte conclusie.

Archaeopteryx en overgangsvormen
Ofschoon Borgers boek voornamelijk over moleculaire biologie gaat, komt hij ook even te spreken over fossielen. Hij vraagt zich af waarom er uit de evolutie van vogels niet meer overgangsvormen zijn gevonden naast Archaeopteryx, een fossiel dat al in Darwins tijd werd gevonden (p. 164). Hieruit blijkt dat Borger totaal niet op de hoogte is van de relevante literatuur, want juist de afgelopen jaren zijn er vele van dergelijke fossielen beschreven, fossielen die vaak ook nog eens prachtig geconserveerd zijn (Zhou 2004). Deze zijn vrijwel allemaal beschreven in grote wetenschapsbladen als Nature en Science, dus Borger had dit kunnen weten. Zelfs zeer recentelijk zijn er nog twee prachtige exemplaren beschreven (Zhang et al. 2008; Hu et al. 2009). Niet alleen de evolutie van vogels is goed gedocumenteerd in het fossielenverslag, ook uit de evolutie van andere dieren zijn vele overgangsvormen bekend. Een recente expositie hiervan is te vinden in het uitstekende boek van paleontoloog Donald Prothero (Prothero 2007). Overgangsvormen bestaan alleen niet in Borgers hoofd omdat hij simpelweg niet op de hoogte is van de literatuur.

Cambrische explosie “overnacht”?
Volgens Borger zijn alle door God geschapen ‘oersoorten’ er vanaf het begin geweest, conform het Bijbelboek Genesis. Volgens evolutiebiologen echter is het leven heel simpel begonnen en heeft zich daaruit steeds verder gediversificeerd, over een tijd van ongeveer 3,5 miljard jaar. Dit leidt tot twee verschillende voorspellingen over het fossielenbestand. Als we Borger volgen, zouden we in de oudste lagen al representanten van alle oersoorten moeten aantreffen. Als we daarentegen de evolutiebiologen volgen, zouden we in de oudste lagen alleen eencellig leven moeten aantreffen, en naarmate de lagen jonger worden steeds grotere vormen van complexiteit. Dit is ook wat we aantreffen (Prothero 2007), al is er een periode geweest waarin in relatief korte tijd veel variatie in bouwplannen (morfologie) is ontstaan, of lijkt te zijn ontstaan.

Paleontologen noemen deze periode de ‘Cambrische explosie’. Opmerkelijk genoeg lijkt Borger dit als bewijs voor zijn verhaal te zien: zo’n grote variatie in zo’n korte tijd, lijkt dat niet erg op schepping uit het niets? Hij denkt zelfs dat deze explosie “vrijwel overnacht” (p. 230, wat overigens ‘overnachts’ had moeten zijn) plaatsvond. Wat Borger blijkbaar niet heeft begrepen, is dat deze ‘explosie’ in een relatief korte tijd plaatsvond: het gaat nog steeds over vele miljoenen jaren. Op geologische schaal is dat kort, maar het geeft ruim voldoende tijd voor evolutie. Daarnaast meent Borger dat deze bouwplannen “volkomen nieuw” (p. 230) waren, terwijl van vele bouwplannen al oudere voorlopers bekend zijn (Gishlick 2003; Prothero 2007). Tevens laat moleculaire evidentie, gecombineerd met het nu bekende fossielenmateriaal, zien dat de ‘explosie’ minder explosief is geweest dan creationisten graag willen (Peterson et al. 2008). Borger is simpelweg wederom niet op de hoogte van de relevante literatuur.

Dat hij de Cambrische ‘explosie’ ziet als een probleem voor evolutie (p. 26), komt doordat hij blijkbaar denkt dat evolutie altijd even snel verloopt. Dat is een gigantische misvatting. Er zijn zowel goede theoretische als empirische redenen waarom het tempo van evolutie niet altijd hetzelfde is (Futuyma 2009). Dit wordt in elk handboek evolutiebiologie uitgelegd, maar daar is Borger blijkbaar ook nu weer niet van op de hoogte. Tot slot biedt de Cambrische explosie weinig ondersteuning voor zijn verhaal, omdat veel van de grote hedendaagse diergroepen toen nog niet bestonden. We vinden in Cambrische lagen bijvoorbeeld nergens fossielen van vogels of zoogdieren, en al helemaal geen mensen, terwijl deze er volgens Borger hadden moeten zijn. Als die wel gevonden zouden worden, zou dat uiterst problematisch zijn voor de evolutiebiologie.

De Cambrische ‘explosie’ is een interessant onderzoeksonderwerp waar de nodige wetenschappers wereldwijd mee bezig zijn. Er is nog steeds discussie over in hoeverre deze morfologische explosie reëel is of het effect is van de incompleetheid van het fossielenverslag (niet alle organismen fossiliseren immers even goed). Het is echter geen probleem voor de evolutiebiologie en al helemaal geen ondersteuning voor Borgers verhaal. Laten we nu dan eens kijken hoe sterk zijn ‘GUToB’ wetenschappelijk gezien is.

Variatie-inducerende genetische elementen
‘Variatie-inducerend genetische element’ (‘VIGE’) is een door Borger bedachte term voor alle genetische elementen die voor variatie in genomen kunnen zorgen. Hij rekent er genetische elementen als SINE’s, LINE’s, IS-elementen en endogene retrovirussen onder, elementen die in de reguliere literatuur ook wel niet-coderend DNA of ‘junk-DNA’ (een verwarrende term) worden genoemd. Volgens Borger bestaat het ‘junk-DNA’ voornamelijk uit zijn ‘VIGE’s’ (p. 159). De oergenomen die God in den beginne schiep, waren afgeladen met deze ‘VIGE’s’, opdat het leven zich snel kon aanpassen en verspreiden over de aarde. Dit is volgens Borger dus het doel van deze elementen. Met VIGE’s zou het zelfs mogelijk zijn dat het genoom anticipeert op een veranderende omgeving (p. 172).

Niemand zal ontkennen dat sommige van de genetische elementen die Borger tot zijn VIGE’s rekent fenotypische effecten hebben. Hiervan zijn genoeg voorbeelden in de literatuur bekend. Dit is tevens goed bekend bij evolutiebiologen en past prima in de moderne evolutietheorie (Oliver and Greene 2009). De vraag is echter hoe we wetenschappelijk kunnen toetsen dat het doel van deze elementen het induceren van genetische informatie is, in plaats van dat ze dat effect kunnen hebben. Borger geeft hier geen antwoord op. Dat gaat er waarschijnlijk ook nooit komen, omdat dat doel onwaarschijnlijk is. Het verklaart bijvoorbeeld niet waarom de ui (Allium cepa) ongeveer drie keer meer van deze elementen heeft dan de lezer van dit stuk. Zelfs uiensoorten van hetzelfde geslacht (Allium) variëren in genoomgrootte van 7 tot 31,5 picogram. Zulke grote genomische variatie onder zeer nauw verwante soorten is onwaarschijnlijk als al dit DNA een specifiek doel heeft, zoals het induceren van variatie. Voor een anticiperend genoom is al helemaal geen evidentie.

Dat sommige van de genetische elementen die Borger tot zijn ‘VIGE’s’ rekent fenotypische effecten hebben, is dus geen probleem voor evolutiebiologen. Dat ze een variatie-inducerend doel hebben daarentegen is tot dusverre ontoetsbaar en tevens onwaarschijnlijk. ‘VIGE’s’, in de rol die Borger eraan toekent, hebben daardoor ook geen meerwaarde voor de biologie.

De cirkel van ‘baranomen’ en ‘indicatorgenen’
Centraal in Borgers ‘GUToB’ staan de ‘baranomen’: de genomen zoals die oorspronkelijk door God zijn geschapen, afgeladen met genetische elementen die variatie kunnen induceren (de ‘VIGE’s’). Het is een door hem bedachte term, ontleend aan het Hebreeuwse werkwoord bara, dat ‘scheppen’ (of ‘scheiden’) betekent, en ‘genoom’. De grote vraag is natuurlijk: hoe kunnen we een ‘baranoom’ herkennen? Wat onderscheidt het ene ‘baranoom’ van het andere? Borgers antwoord is dat we dat kunnen doen met behulp van ‘indicatorgenen’: “essentiële genen met een zeer specifiek kenmerk, waarmee ze het baranoom definiëren” (p. 234, wederom een door hem bedachte term). Het is niet lastig in te zien dat deze definitie circulair is: een ‘baranoom’ herken je aan een ‘indicatorgen’, en een ‘indicatorgen’ aan dat het specifiek is voor een ‘baranoom’.

Volgens Borger zijn indicatorgenen uniek voor bijvoorbeeld de mens, maar ook daarmee schieten we niet op als we ‘baranomen’ willen afbakenen. Er zijn namelijk voor elke clade in een fylogenetische boom unieke kenmerken aan te wijzen, zelfs als ik die zou opstellen voor mijn naaste bloedverwanten. Ik draag genen in mij die uniek zijn voor mij als persoon, voor mijn familie, voor mijn soort (Homo sapiens), voor mijn orde (primaten), voor mijn klasse (zoogdieren), enzovoort. Dit is juist wat je mag verwachten op grond van de geneste hiërarchie, die het gevolg is van gemeenschappelijke afstamming met modificatie. Het is echter volstrekt arbitrair wat als ‘indicatorgen’ gebruikt wordt om een ‘baranoom’ af te bakenen.  

Als voorbeeld van een ‘indicatorgen’ draagt Borger het FOXP2-gen aan, een gen dat geassocieerd wordt met taal. De menselijke sequentie van dit gen is uniek voor zijn soort. Toch treffen we dit gen ook aan in andere zoogdieren; op aminozuurniveau verschilt onze variant van dit gen slechts twee aminozuren met die van de chimpansee, en drie met die van de muis. Waarom legt Borger hier de grens bij een verschil van slechts twee aminozuren? Waarom niet bij drie, zodat alle mensapen tot hetzelfde ‘baranoom’ gerekend moeten worden, met uitsluiting van (onder andere) de muis? De enige reden is een religieuze: volgens zijn Bijbelse opvattingen is de mens afzonderlijk van de andere mensapen geschapen, waardoor daar de grens wel moet liggen. Er is geen enkele biologische reden om te denken dat er op harde grenzen tussen groepen organismen bestaan die evolutionair niet te overbruggen zijn. Samenvattend hebben ‘indicatorgenen’ en ‘baranomen’ geen biologische realiteit. Ze zijn circulair gedefinieerd en niet objectief vast te stellen.

De toetsing van ‘GUToB’
Een goede wetenschappelijke hypothese of theorie moet getoetst kunnen worden: wetenschappers moeten kunnen bepalen of ze waar is of niet. Borger zal dit dus ook moeten doen, wil zijn idee door wetenschappers au sérieux genomen worden. Dit probeert hij aan het einde van zijn boek (p. 273): "GUToB wordt verworpen na de observatie van het naturalistisch ontstaan van nieuwe unieke functionele genetische informatie. Genetische informatie die niet gerelateerd is aan al bestaande genetische elementen."

Het grote probleem hiermee is echter dat volgens de evolutietheorie genetische informatie altijd gerelateerd is aan al bestaande genetische elementen (het ontstaan van de genetische code uitgezonderd). Nieuwe genetische informatie ontstaat door het kopiëren (dupliceren) en aanpassen van wat er al is, zoals hierboven reeds werd uitgelegd. Nieuwe informatie ex nihilo zou juist op een wonder duiden! Dit leidt tot de uiterst vreemde situatie dat Borgers ‘GUToB’ alleen weerlegd kan worden als de evolutietheorie onjuist is. Wetenschapsfilosofisch gezien is deze toetsingsmogelijkheid daarom onzinnig.

Besluit
Darwin is al een tijd dood, maar zijn theorie is in aangepaste vorm springlevend, ook op moleculaire schaal. Borger baseert zich op verouderde evolutiebiologische opvattingen en heeft weinig kaas gegeten van de moderne evolutiebiologie. Hierdoor zijn zijn vermeende problemen voor de evolutiebiologie gebaseerd op onwetendheid of onbegrip. Natuurlijk zijn er open vragen en problemen in de evolutiebiologie, maar die zijn er in elke wetenschappelijke discipline. Dat is wat wetenschappers bezighoudt en voortdrijft.

Zijn voorgestelde alternatief, ‘GUToB’, is op die vragen en problemen geen wetenschappelijk antwoord. Het is louter een poging om een letterlijke lezing de Bijbelse scheppingsmythe te verwoorden in een moleculairbiologisch jargon, al geeft hij dit nergens expliciet toe. Borgers idee is grotendeels ontoetsbaar of circulair, en daarmee geen wetenschap. De ideologie van het creationisme heeft de bioloog Borger helaas van het wetenschappelijke pad doen afdwalen.

Mijn dank gaat uit naar dr. Gerdien de Jong en prof. dr. Nico van Straalen voor hun nuttige commentaar op een eerdere versie van dit artikel.

Update 10-2-2010:
Borger heeft de afgelopen tijd op zijn weblog geprobeerd mijn kritiek te ontkrachten. Zijn 'weerwoord' bestaat echter vooral uit het herhalen van wat in zijn boek staat, waarbij hij voorbij gaat aan mijn kritiek. Lees en oordeel zelf:
- Deel 1
- Deel 2
- Deel 3
- Deel 4
- Deel 5
- Deel 6
- Deel 7
- Delen 8 en 9

Update 13-10-2017
De bovenstaande links werken al een tijd niet meer omdat het weblog van Borger niet meer bestaat. Zijn reacties op mijn kritische stuk heeft hij echter opnieuw hier geplaatst (op 1-1-2016). Daaronder schreef hij "Geen wonder dat hij [Bart Klink] ze niet op zijn wevbsite [www.deatheist.nl] wilde plaatsen" (1-1-2016), terwijl de links naar zijn reacties op mijn stuk al sinds 10-2-2010 hierboven vermeld stonden op deze site. Borger heeft dus niet op mijn site gekeken of liegt. Daarnaast vermeldt Borger niet dat ik op zijn weblog (die nu dus niet meer bestaat) uitgebreid ben ingegaan op zijn kritiek op mijn stuk. Hij heeft dus wel zijn eigen reactie bewaard en opnieuw op het internet gezet, maar niet mijn reactie daar weer op. 

Referenties
Ahituv, N., Y. Zhu, et al. (2007). "Deletion of ultraconserved elements yields viable mice." PLoS Biol 5(9): e234.

Barbaric, I., G. Miller, et al. (2007). "Appearances can be deceiving: phenotypes of knockout mice." Brief Funct Genomic Proteomic 6(2): 91-103.

Barton, N. H., D. E. G. Briggs, et al. (2007). Evolution, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Britten, R. J. (2006). "Almost all human genes resulted from ancient duplication." Proc Natl Acad Sci U S A 103(50): 19027-32.

Brunet, F. G., H. R. Crollius, et al. (2006). "Gene loss and evolutionary rates following whole-genome duplication in teleost fishes." Mol Biol Evol 23(9): 1808-16.

Conant, G. C. and A. Wagner (2003). "Asymmetric sequence divergence of duplicate genes." Genome Res 13(9): 2052-8.

Conant, G. C. and A. Wagner (2004). "Duplicate genes and robustness to transient gene knock-downs in Caenorhabditis elegans." Proc Biol Sci 271(1534): 89-96.

Cotton, J. A. and R. D. Page (2005). "Rates and patterns of gene duplication and loss in the human genome." Proc Biol Sci 272(1560): 277-83.

Dehal, P. and J. L. Boore (2005). "Two rounds of whole genome duplication in the ancestral vertebrate." PLoS Biol 3(10): e314.

Demuth, J. P., T. De Bie, et al. (2006). "The evolution of mammalian gene families." PLoS One 1: e85.

Demuth, J. P. and M. W. Hahn (2009). "The life and death of gene families." Bioessays 31(1): 29-39.

Freeland, S. J., R. D. Knight, et al. (2000). "Early fixation of an optimal genetic code." Mol Biol Evol 17(4): 511-8.

Futuyma, D. J. (1986). Evolutionary Biology, Sinauer Associates, Inc.

Futuyma, D. J. (2009). Evolution, Sinauer Associates, Inc.

Gishlick, A. D. (2003). Icons of Evolution? Why Much of What Jonathan Wells Writes about Evolution is Wrong, National Center for Science Education.

Gu, Z., L. M. Steinmetz, et al. (2003). "Role of duplicate genes in genetic robustness against null mutations." Nature 421(6918): 63-6.

Holmes, E. C. (2003). "Molecular clocks and the puzzle of RNA virus origins." J Virol 77(7): 3893-7.

Hsiao, T. L. and D. Vitkup (2008). "Role of duplicate genes in robustness against deleterious human mutations." PLoS Genet 4(3): e1000014.

Hu, D., L. Hou, et al. (2009). "A pre-Archaeopteryx troodontid theropod from China with long feathers on the metatarsus." Nature 461(7264): 640-3.

Hughes, A. L. and R. Friedman (2003). "2R or not 2R: testing hypotheses of genome duplication in early vertebrates." J Struct Funct Genomics 3(1-4): 85-93.

Kasahara, M. (2007). "The 2R hypothesis: an update." Curr Opin Immunol 19(5): 547-52.

Koonin, E. V. (2009). "Darwinian evolution in the light of genomics." Nucleic Acids Res 37(4): 1011-34.

Li, W.-H. (2007). Gene duplication: evolution. Encyclopedia of Life Sciences, John Wiley & Sons, Inc.

Lynch, M. and J. S. Conery (2000). "The evolutionary fate and consequences of duplicate genes." Science 290(5494): 1151-5.

Martin, A. (2001). "Is tetralogy true? Lack of support for the "one-to-four rule"." Mol Biol Evol 18(1): 89-93.

McLean, C. and G. Bejerano (2008). "Dispensability of mammalian DNA." Genome Res 18(11): 1743-51.

Mikkelsen, T. S., L. W. Hillier, et al. (2005). "Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome." Nature 437(7055): 69-87.

Novozhilov, A. S., Y. I. Wolf, et al. (2007). "Evolution of the genetic code: partial optimization of a random code for robustness to translation error in a rugged fitness landscape." Biol Direct 2: 24.

Oliver, K. R. and W. K. Greene (2009). "Transposable elements: powerful facilitators of evolution." Bioessays 31(7): 703-14.

Peterson, K. J., J. A. Cotton, et al. (2008). "The Ediacaran emergence of bilaterians: congruence between the genetic and the geological fossil records." Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 363(1496): 1435-43.

Prothero, D. R. (2007). Evolution: What the Fossils Say and Why It Matters, Columbia University Press.

Putnam, N. H., T. Butts, et al. (2008). "The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype." Nature 453(7198): 1064-71.

Serres, M. H., A. R. Kerr, et al. (2009). "Evolution by leaps: gene duplication in bacteria." Biol Direct 4: 46.

Wagner, A. (2000). "Robustness against mutations in genetic networks of yeast." Nat Genet 24(4): 355-61.

Yampolsky, L. Y. (2005). Mutational biases. Encyclopedia of life sciences, John Wiley & Sons, Inc.

Zhang, F., Z. Zhou, et al. (2008). "A bizarre Jurassic maniraptoran from China with elongate ribbon-like feathers." Nature 455(7216): 1105-8.

Zhang, J. (2003). "Evolution by gene duplication: an update." TRENDS in Ecology and Evolution 18(6): 292-298.

Zhang, P., Z. Gu, et al. (2003). "Different evolutionary patterns between young duplicate genes in the human genome." Genome Biol 4(9): R56.

Zhou, Z. (2004). "The origin and early evolution of birds: discoveries, disputes, and perspectives from fossil evidence." Naturwissenschaften 91(10): 455-71.